A história pode ser concluída de duas maneiras diferentes, de acordo com a escolha do jogador (negociar com Dimitri ou matá-lo). Em ambos os finais, o casamento de Roman com Mallorie é interrompido por um ataque, algum personagem importante morre, e a batalha final acontece no mesmo local, com sequências de lutas semelhantes.

Se o jogador escolhe matar Dimitri, Niko enfrenta ele e vários capangas no navio. Dentro da embarcação, Niko encurrala Dimitri e o executa de forma considerada indigna, com dois tiros nos seus joelhos e um na cabeça.Mais tarde, no casamento, Pegorino surge de repente em um carro e abre fogo contra os convidados, pois está furioso com a traição de Niko. Após o tiroteio, Kate está morta. Niko, Roman e Little Jacob perseguem um dos homens de Pegorino e o encontram em um cassino abandonado no extremo norte de Alderney. Niko elimina diversos capangas de Jimmy P. enquanto Roman e Jacob procuram um jeito de tirá-lo de lá. O vilão escapa de barco e Niko o persegue de moto, entrando posteriormente em um helicóptero com Roman e Jacob, para finalmente encuralar Pegorino na Ilha Happiness (equivalente a Liberty Island no jogo). Pegorino diz que queria ter matado Niko, e não Kate. Niko então revela que a comissão de mafiosos achava que Jimmy P era uma piada, e então o executa quando o criminoso esboça uma tentativa de atirar. Após os créditos, Roman conta que Mallorie está grávida, e caso a criança seja uma menina, ela se chamará Kate. Packie também liga para Niko e lamenta a morte de sua irmã, dizendo que eram ele e seus irmãos que deveriam pagar pelos crimes da família.

Se o jogador escolher negociar com Dimitri, Niko junta-se a Phil Bell em um porto para pegar o dinheiro assim que Dimitri entregar a heroína. Contudo, Dimitri decide simplesmente matar os negociantes. A dupla enfrenta um grupo de parceiros dos negociantes e escapa com o dinheiro. Pegorino liga para Niko agradecendo por sua ajuda e anunciando sua parceria com Dimitri. Kate fica decepcionada com seu namorado e se recusa a ir ao casamento de Roman. Durante o casamento, um assassino contratado por Dimitri surge e tenta matar Niko, que consegue derrubá-lo, mas não antes do enviado matar Roman acidentalmente. Furioso e frustrado, o protagonista junta-se a Little Jacob e persegue um homem de Pegorino para o mesmo cassino, onde Dimitri e Pegorino estão. No cassino, Dimitri mata Pegorino e foge para a Ilha Happiness de helicóptero. Niko e Jacob o perseguem, e Niko mata Dimitri no mesmo local onde mataria Jimmy P. Antes de matá-lo, Niko diz:

Após os créditos, Mallorie liga para Niko e diz que está grávida de uma criança, que segundo Niko, nunca precisará se preocupar com nada, embora Mallorie retruque dizendo que uma criança sem pai tem muito com o que se preocupar.^[26]

Durante e após o enredo, o jogador ainda pode realizar missões com pessoas das ruas, que surgem no radar quando Niko está nas imediações delas. Algumas têm relação com o enredo, como Ilyena Faustin (a ex-mulher de Mikhael Faustin), Hossan (um companheiro de Niko no Playpitus), Grace Ancelloti, Ivan (um personagem que Niko enfrente a mando de Vlad, cuja vida pode ou não ser poupada, dependendo da escolha do jogador, sendo que o personagem só fica disponível para a missão se o jogador poupar sua vida) e Badman, um amigo de Little Jacob.